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익룡의 비행이론에는 크게 두가지 설이 있다.
첫째 이론은 익룡의 비행능력이 달리거나 뛰는데서 진화했다고 생각하였다. 익룡의 선조는 매우 빨리 달렸으며 곤충을 쫒다 이들을 잡기 위해 공중으로 뛰었을 것이라는 것이다. 또한 이들은 포식자을 피하기 위해 공중으로 뛰었을 수도 있다는 것이다. 일단 공중에 오르면 날개를 흔들면서 뛰어 오를 방향을 조절할 능력을 가지게 되었을 것이며 그 뛰는 거리도 점차 증가했을 것이다. 그런 후 많은 세대가 지나면서 날개막이 생겨났을 것이다. 팔의 젖는 효과가 증가하여 점프의 높이도 증가하였고 약간의 거리를 미끄러져 날수 있게 되었다. 결국에 이 동물은 날개를 퍼득거리며 날게되었다. 이 이론은 익룡이 공룡으로부터 진화하였다고 생각하는 과학자들이 선호하는 이론이다.
두 번째 이론은 익룡이 나무로부터 뛰거나 미끄러지면서 날았다는 이론이다. 이들은 긴 앞 다리와 뒷다리로 나무사이를 뛰어 이동할 수 있었을 것이다. 이 방법은 나무에서 내려와 지면으로 이동해 다른 나무에 오르는 것 보다 쉬웠다. 또한 이 방법은 땅에 있는 포식자를 피할 수 있어 더 안전했다. 많은 세대가 지남에 따라 날개막이 발달하였다. 제어 능력이 증가됨에 따라 미끄러져 날 수 있게 되었고 이동거리도 증가되었다. 날개를 칠 수 있게 되자 더욱 먼 거리를 움직일 수 있게 되고 결국 힘있는 비행이 가능하게 되었다.
어떤 방법으로 익룡이 날게 되었던지간에 익룡의 선조는 곤충을 잡아먹었고 이들이 날게된 뒤부터 물고기를 먹기 시작했을 것이다. 나무에 앉아 있다가 물위로 날았을 것이며 그러다 수면 위의 작은 물고기를 향해 돌진했을 것이다. 곤충을 잡아먹었을 것으로 보이는 익룡들은 물고기를 잡아먹는 익룡들보다 더 초기의 형태였을 것이다.